Son dos obligaciones distintas que suelen coincidir en el mismo puesto. La de higiene viene del Reglamento (CE) 852/2004 y del RD 109/2010: toda persona que manipula alimentos debe tener formación acorde a su trabajo. La de alérgenos viene del Reglamento (UE) 1169/2011 y del RD 126/2015: el establecimiento tiene que informar de los 14 alérgenos de cada plato o producto, y para eso su personal tiene que saber hacerlo.
Ninguna norma dice «dos carnets». Lo que ocurre es que cada certificado acredita una cosa, y por eso bares, restaurantes, supermercados y comedores piden los dos al contratar y los enseñan en una inspección de Sanidad. Si solo vas a reponer producto envasado o a repartir, con el de manipulador suele bastar.